Isaac Watts nació en 1674 en Southampton, Inglaterra, hijo de un diácono disidente encarcelado dos veces por su fe fuera de la Iglesia Anglicana. Niño de salud frágil y apariencia poco común, creció en un hogar donde la devoción costaba caro y los cultos estaban marcados por salmos cantados sin vida.
Siendo aún joven, se quejó a su padre de la pobreza de los cánticos entonados en la iglesia de la familia. Según el relato más difundido de su vida, el padre lo desafió: entonces escribe tú mismo algo mejor. Años después, Watts respondió con su primer himno, Contemplad las Glorias del Cordero.
Vetado el ingreso a Oxford y Cambridge por ser disidente, estudió latín, griego y hebreo en la Academia de Stoke Newington, bajo el tutor Thomas Rowe. Se graduó en 1694 y, años después, se convirtió en pastor asistente y, en 1702, pastor titular de la Capilla de Mark Lane, en Londres.
En 1707 publicó Himnos y Cánticos Espirituales, obra que rompió con la costumbre de cantar solo los salmos tal como estaban en la Escritura. Allí apareció Cuando Contemplo la Maravillosa Cruz, meditación sobre Gálatas 6:14 que se convertiría en uno de los himnos más amados de la historia cristiana.
Una grave enfermedad en 1712 lo dejó debilitado por el resto de su vida. Acogido por la familia de Sir Thomas Abney, vivió bajo su techo durante treinta y seis años, hasta morir, sostenido por su hospitalidad cuando ya no podía mantener su ministerio con regularidad.
En sus últimos años, sus escritos especulativos sobre la naturaleza de Cristo levantaron sospechas entre sus contemporáneos de que Watts se alejaba de la doctrina trinitaria tradicional, acercándose a ideas subordinacionistas sobre el Hijo, llegando a ser acusado por algunos de arrianismo y por otros de sabelianismo. Él siempre se declaró trinitario, pero el debate sobre sus formulaciones continúa entre los historiadores hasta hoy.
Nunca se casó: una propuesta hecha a la poetisa Elizabeth Singer fue rechazada, según el relato tradicional, a causa de su apariencia frágil. Publicó además Cánticos Divinos para Niños, en 1715, Salmos de David Imitados, en 1719, con Alegraos y Oh Dios, Nuestro Socorro en Épocas Pasadas, y el manual Lógica, en 1724.
Murió en 1748 y fue sepultado en Bunhill Fields, cementerio de disidentes en Londres. Sus cerca de 750 himnos, traducidos a decenas de idiomas, todavía hoy moldean el canto de iglesias alrededor del mundo, muchas plantadas por misiones que llevaron su fe cristocéntrica mucho más allá de Inglaterra.