John Robert Walmsley Stott nació el 27 de abril de 1921, en Londres, hijo del médico Sir Arnold Stott, agnóstico, y de Emily Lily Stott, de origen luterano. Fue uno de los pastores anglicanos más influyentes del siglo veinte, conocido durante décadas como rector de All Souls, en Langham Place, y como uno de los principales formuladores del movimiento evangélico mundial.
Se convirtió en 1938, siendo aún estudiante en el colegio de Rugby, después de escuchar una predicación del evangelista anglicano Eric Nash. Más tarde describió aquel sencillo paso de fe como lo que cambió toda la dirección y la calidad de su vida. Estudió francés y teología en el Trinity College, en Cambridge, y se formó después en Ridley Hall, colegio teológico vinculado a la misma universidad.
Fue ordenado diácono en 1945 y presbítero en 1946. Sirvió como coadjutor de All Souls, Langham Place, entre 1945 y 1950, y asumió como rector de la iglesia en 1950, cargo que ocupó hasta 1975, permaneciendo después como rector emérito. Nunca se casó: dedicó su vida al ministerio y a la escritura en un régimen de celibato voluntario.
Como predicador y escritor, Stott ayudó a moldear el evangelicalismo de la posguerra dentro de la Comunión Anglicana. En 1966, disintió públicamente del predicador galés Martyn Lloyd-Jones, quien defendía la salida de los evangélicos de las denominaciones históricas consideradas doctrinalmente mixtas. Stott argumentó a favor de la permanencia dentro de la iglesia establecida, posición que prevaleció entre buena parte del evangelicalismo británico.
Su visión de la misión también cambió a lo largo de su vida. En el Congreso Mundial de Evangelización de Berlín, en 1966, defendía que la misión de la iglesia era esencialmente la predicación, sin incluir de forma central la acción social. En 1974, ya en el Congreso de Lausana, cambió de posición: como principal redactor del Pacto de Lausana, ayudó a incluir en el documento la afirmación de que la evangelización y el compromiso sociopolítico son, ambos, parte del deber cristiano, influenciado sobre todo por líderes latinoamericanos como René Padilla y Samuel Escobar.
En 1969 creó el Langham Trust, destinando los derechos de autor de sus libros a becas de doctorado para pastores de países mayoritariamente no occidentales. En 1971 fundó también el Evangelical Literature Trust, para financiar libros teológicos en bibliotecas y seminarios fuera del mundo occidental. Las dos entidades se fusionaron en 2001 en la Langham Partnership, hoy presente en decenas de países.
Escribió más de setenta libros a lo largo de su vida. Cristianismo básico, de 1958, vendió millones de ejemplares y fue traducido a decenas de idiomas. La cruz de Cristo, de 1986, considerada su obra más importante, se convirtió en referencia evangélica sobre la doctrina de la expiación. Su último libro, El discípulo radical, salió en 2010, un año antes de su muerte.
Stott también asumió posiciones que generaron controversia dentro del propio campo evangélico. En 1988, en el libro Essentials, escrito en diálogo con el teólogo liberal David Edwards, admitió considerar tentativamente el aniquilacionismo, la idea de que los impíos serían destruidos y no sufrirían tormento consciente eterno, como posibilidad bíblica legítima, sin afirmar tenerla como certeza. La posición dividió a los líderes evangélicos y llegó a ser votada, sin éxito, como motivo para excluirlo de un encuentro evangélico norteamericano. Stott también defendió públicamente una lectura contraria al sionismo cristiano, afirmando que la iglesia, y no el pueblo judío en cuanto tal, sería hoy el verdadero Israel, posición igualmente debatida y criticada por otros evangélicos.
Fue capellán de la reina Isabel II entre 1959 y 1991 y recibió el título de Comandante de la Orden del Imperio Británico en 2006. En 2005, la revista Time lo incluyó en la lista de las cien personas más influyentes del mundo. Anunció su retiro del ministerio público en abril de 2007, a los ochenta y seis años, y pasó a vivir en el College of St Barnabas, en Lingfield, Surrey, residencia para clérigos anglicanos jubilados.
Murió el 27 de julio de 2011, en Lingfield, rodeado de familiares y amigos, escuchando pasajes de la Biblia y El Mesías de Haendel. Dejó como legado la Langham Partnership, que hasta hoy forma pastores y teólogos y distribuye literatura cristiana en países de renta más baja, y el Pacto de Lausana, que sigue orientando congresos y estrategias de misión evangélica alrededor del mundo.