Bullinger nació el 18 de julio de 1504 en Bremgarten, Suiza, hijo de un deán de la Iglesia y de una mujer con quien vivía en unión tolerada por las autoridades eclesiásticas de la época. Estudió en Emmerich y Colonia, donde el contacto con Agustín y con las Escrituras lo acercó a las ideas de la Reforma.
En 1523 tuvo los primeros contactos con Ulrico Zuinglio y Leo Jud en Zúrich, acercándose a las ideas reformadas todavía como estudiante. En 1527 pasó una temporada en la ciudad estudiando griego y hebreo y escuchando las predicaciones de Zuinglio, convirtiéndose, en los años siguientes, en su colaborador cercano. Cuando Zuinglio murió en octubre de 1531, en la batalla de Kappel, Bullinger fue elegido, a los 27 años, para sucederlo como líder de la iglesia de Zúrich, cargo que ocuparía hasta el final de su vida.
Se casó en 1529 con Anna Adlischwyler, una exmonja, con quien tuvo once hijos y adoptó otros dos. La casa del matrimonio recibió, durante décadas, a refugiados religiosos de toda Europa, entre ellos ingleses huidos de la persecución durante el reinado de María Tudor, en la década de 1550.
Se dedicó a sistematizar la fe reformada naciente. En 1534 publicó uno de los primeros tratados sobre la alianza de gracia entre Dios y el pueblo, sentando las bases de la teología pactual que marcaría el protestantismo reformado en los siglos siguientes.
Entre 1549 y 1551 escribió las Décadas, cincuenta sermones que resumían la doctrina reformada y fueron traducidos a varias lenguas, convirtiéndose en uno de los libros protestantes más leídos del siglo 16. En 1549 también firmó con Juan Calvino el Consenso de Zúrich, uniendo a suizos y ginebrinos en la doctrina de la cena.
Como casi todos los reformadores de su generación, Bullinger también aprobó la ejecución del teólogo disidente Miguel Servet, ocurrida en Ginebra en 1553, episodio hoy leído como señal de los límites de la tolerancia religiosa de aquel tiempo, incluso entre líderes de gran renombre.
En 1566 redactó la Segunda Confesión Helvética, resumen maduro de su teología que rápidamente fue adoptado por iglesias reformadas en Suiza, Escocia, Hungría, Francia y Polonia, convirtiéndose en uno de los textos doctrinales más influyentes de toda la tradición reformada.
Bullinger mantuvo correspondencia con miles de cristianos por toda Europa, orientando a pastores, consolando a exiliados y articulando iglesias separadas por fronteras. Ese hábito de conexión inspira, todavía hoy, redes globales de apoyo pastoral y de intercesión entre iglesias de diferentes naciones.