Allen Gardiner nació el 28 de enero de 1794, hijo de una familia cristiana de Berkshire, Inglaterra. Ingresó en la Armada Real siendo aún adolescente y sirvió durante casi dos décadas, participando en combates navales y llegando al grado de comandante.
Durante muchos años vivió alejado de la fe de sus padres, pero una crisis espiritual durante viajes alrededor del mundo y, más tarde, la muerte de su primera esposa lo llevaron de vuelta al evangelio y a un llamado renovado a la misión. Dejó la vida activa en la marina decidido a servir en lugares que ninguna sociedad cristiana había alcanzado.
Entre 1834 y 1838, intentó abrir una obra entre los zulúes, en el sur de África. La guerra entre los bóers y el rey zulú Dingane, que siguió a la masacre de Piet Retief, destruyó las estaciones de la misión y lo obligó a dejar la región. Buscó entonces Chile, donde vivió entre pueblos indígenas de 1838 a 1843, aprendiendo sus costumbres y lenguas.
Convencido de que el extremo sur de América necesitaba el evangelio, pidió apoyo a la Church Missionary Society y a otras agencias británicas, pero fue rechazado por falta de recursos para una misión tan remota. En 1844, fundó su propia agencia, la Patagonian Missionary Society.
Los años siguientes estuvieron marcados por fracasos repetidos. En 1845, un primer intento de misión en la bahía Gregory, en el estrecho de Magallanes, fue repelido por los propios indígenas. Entre 1845 y 1847, viajó por Bolivia distribuyendo Biblias, pero el trabajo fue hostilizado por el clero católico local y no avanzó. En 1848, intentó establecerse en la isla Picton, en Tierra del Fuego, y una vez más se vio obligado a retirarse ante la hostilidad de los habitantes locales.
En septiembre de 1850, partió de Liverpool para un nuevo intento, con seis compañeros. Desembarcaron en Picton en diciembre, pero fueron nuevamente expulsados por los indígenas y buscaron refugio en Puerto Español (Spaniard Harbour). La planificación falló: casi toda la munición quedó a bordo del barco, y el grupo no logró cazar para alimentarse. El reabastecimiento previsto no llegó a tiempo.
Aislados en Puerto Español, los siete hombres murieron de hambre a lo largo del primer semestre de 1851. El diario de Gardiner, recogido semanas después por un barco británico que vino a reabastecerlos, registró hasta los últimos días palabras de gratitud y esperanza, no de desesperación.
Ningún indígena se convirtió mientras él estuvo vivo, y la secuencia de expediciones, la de 1845, la de 1848 y la final, terminó en fracaso frente a los planes originales. Pero la noticia de su muerte conmovió a Inglaterra y trajo a la sociedad recursos y voluntarios que antes no tenía.
Años después, el propio hijo de Gardiner regresó a Tierra del Fuego para continuar la obra de su padre. La agencia que él fundó en solitario se convertiría, décadas después, en la South American Missionary Society, todavía activa en América del Sur.